株式譲渡にかかる税金は？税率や計算方法、非上場株の売却時について

株を譲渡する際に、「どのような税金がかかるのか」「確定申告は必要なのか」「贈与や相続と比べてどちらが有利なのか」と悩む方は多いのではないでしょうか。株式譲渡にかかる税金は、個人か法人か、上場か非上場株式か、さらに売買・贈与・相続のどの方法で株を移転するかによって取り扱いが異なります。また、譲渡益の計算方法や損益通算、繰越控除、確定申告の要否など、押さえておきたいポイントも少なくありません。

この記事では、株の譲渡にかかる税金の基本から、税金の種類と税率、譲渡益の計算方法、確定申告の流れ、非上場株式を譲渡する際の注意点までをわかりやすく解説します。

株式譲渡にかかる税金の基本

株式を譲渡した際にかかる税金とは、株を売って利益が出た場合だけでなく、贈与や相続などによって株を移転した場合にも関係してきます。また、上場株式と非上場株式では税務上の扱いが異なるため、同じ「株の移転」であっても課税の考え方は一律ではありません。以下では、株式譲渡に関する税金の基本的な仕組みを整理します。

参考：国税庁「株式等を譲渡したときの課税［申告分離課税］」

株式譲渡とは？税金からM&A時の注意点、事業譲渡との違いまで解説

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株式譲渡益に対する税金と分離課税

株式を譲渡して利益が出た場合、その利益には税金がかかります。 この利益とは、「譲渡価額から取得価額と譲渡費用を差し引いた金額」です。例えば、購入時より高い価格で株を売却した場合、その差額が譲渡益となり、課税対象になります。一方で、売却しても利益が出ていなければ、原則として譲渡益に対する税金はかかりません。まずは「株を譲渡して利益が出たときに課税される」という基本を押さえます。

また、個人が株式を譲渡して得た所得は、他の所得と区分して計算する「申告分離課税」の対象となります。この税制は累進課税ではなく、譲渡益の大きさにかかわらず原則として一律の税率が適用されるのが特徴です。

上場株式と非上場株式で異なる税務上の扱い

株式の税金は、上場株式か非上場株式かによって扱いが変わります。 上場株式は市場価格が明確で、証券会社の取引記録もあるため、税額計算や申告の判断が比較的しやすいのが特徴です。

これに対して非上場株式は、市場価格がないため株価の評価が問題になりやすく、親族間や同族会社間の譲渡では特に注意が必要です。譲渡価額が適正でないと、贈与とみなされるなど、別の税金が問題になることもあります。

株の移転方法によってかかる税金の違い

株を移転する方法には、売買による譲渡のほか、贈与や相続があります。 このうち、「売買で利益が出た場合」は主に譲渡所得に対する税金、「贈与で株を受け取った場合」は贈与税、「相続で取得した場合」は相続税が関係します。

つまり、同じ株の移転でも、どの方法を選ぶかによってかかる税金の種類が異なります。税負担や手続きも変わるため、株を誰にどのように引き継ぐかを考える際は、移転方法ごとの違いを確認しておくことが重要です。

株式譲渡にかかる税金の種類と税率

株式譲渡に関係する税金は、誰が株を譲渡するのか、どのような形で株を移転するのかによって異なります。ここでは、株式譲渡にかかる主な税金の種類と税率の考え方を整理します。

個人が株を譲渡した場合の税金（所得税・住民税・復興特別所得税）

個人が株を譲渡して利益が出た場合、株式譲渡所得として、所得税・住民税・復興特別所得税が課税されます。株式譲渡による利益は、給与所得や事業所得とは別に課税されるのが一般的で、税率は原則として一定です。

上場株式等に係る譲渡所得等も、一般株式等に係る譲渡所得等も、税率は20％（所得税15％、住民税5％）で、さらに所得税額に対する復興特別所得税（2.1％※）があわせて課されます。そのため、実際の税負担は20.315％となります。

※税制改正により、2027年分以降は復興特別税（所得税額の1.1%、2047年まで）に加え、防衛特別所得税（所得税額の1％）が不可されます。

なお、ここでいう上場株式等は証券取引所で売買される株式などを指し、一般株式等は主に非上場株式などを含みます。どちらも基本税率は同じですが、損益通算や申告の取扱いなどに違いが出ることがあるため、譲渡する株式の種類に応じて確認が必要です。

参考：国税庁「株式等を譲渡したときの課税［申告分離課税］」

法人が株を譲渡した場合の税金（法人税・法人住民税・法人事業税）

法人が保有する株式を譲渡して利益が出た場合、株式譲渡益として法人の所得に含まれ、法人税・法人住民税・法人事業税の課税対象になります。個人の株式譲渡のように一律20％で課税されるのではなく、法人全体の所得計算の中で取り扱われる点が特徴です。譲渡益が事業全般の所得に合算され、所得に対して約30～35%の税率が課されます。

つまり、法人が株式を譲渡した場合は、譲渡益だけを切り出して一定税率をかけるのではなく、その事業年度の他の収益や費用とあわせて所得金額を計算し、その結果に基づいて法人税等が課されます。そのため、実際の税負担は会社の規模や所得水準、適用される税率などによって異なります。

また、法人による株式譲渡は、単なる資産売却として扱われるだけでなく、組織再編や事業承継、M&A（企業の合併・買収）の一環として行われることも少なくありません。特に非上場株式の譲渡では、譲渡価額の妥当性や取引の目的が重要になるため、税務上の判断を慎重に行う必要があります。

相続税・贈与税が関係する場合

株の移転は、売買による譲渡だけとは限りません。株を無償で渡した場合は贈与、亡くなった人から引き継いだ場合は相続として扱われ、譲渡所得に対する税金ではなく、贈与税や相続税が関係します（後述）。

親族間で株を無償で移す場合や、著しく低い価格で譲渡する場合は、実質的に贈与とみなされることがあります。また、相続によって株式を取得した場合は、その株式の評価額が相続税の課税対象になります。特に非上場株式は市場価格がないため、評価方法によって税額に大きな影響が出ることもあります。

非居住者・海外株主に関する税務上の基本ルール

株式譲渡に非居住者や海外株主が関係する場合は、国内居住者同士の取引とは異なる税務ルールに注意が必要です。居住地や株式の種類、譲渡する会社との関係などによって、日本で課税されるかどうか、どのような手続きが必要になるかが変わることがあります。

例えば、非居住者が日本の会社の株式を譲渡する場合でも、すべてのケースで日本の税金がかかるわけではありません。一方で、一定の要件に当てはまる場合には、日本で課税関係が生じることがあります。また、租税条約の適用有無によって取扱いが変わるケースもあるため、国内ルールだけで判断できないこともあります。

さらに、申告や納税の方法も通常のケースより複雑になりやすく、取引の内容によっては事前確認が重要です。非居住者や海外株主が関わる株式譲渡は、個別事情による差が大きいため、慎重に確認することが求められます。

参考：国税庁「非居住者等に対する課税のしくみ」「海外勤務中に株式を譲渡した場合」

株式譲渡益にかかる税金の計算方法

株式譲渡にかかる税金は、まず譲渡所得を計算し、その後に税額を計算する流れで整理できます。ここでは、株式譲渡益と税金の計算方法の基本を説明します。

譲渡益の計算式

株式譲渡で税金がかかるかどうかは、まず譲渡益が出ているかを確認して判断します。譲渡益は、次の計算式で求めます。

譲渡益 ＝ 譲渡価額 − 取得価額 − 譲渡費用

「譲渡価額」は株を譲渡して受け取った金額、「取得価額」は株を取得したときにかかった金額、「譲渡費用」は仲介手数料など譲渡に直接かかった費用です。計算結果がプラスであれば譲渡益、マイナスであれば譲渡損失となります。

税額の計算式

譲渡益が出た場合は、その金額に税率をかけて税額を計算します。計算式は次のとおりです。

税額 ＝ 譲渡益 × 税率

個人が株を譲渡した場合の税率は、原則として「20.315％」（内訳：所得税15％、住民税5％、復興特別所得税0.315％）です。例えば、譲渡益が100万円なら、税額の目安は20万3,150円になります。

なお、法人の場合は個人のように一定税率をかけるのではなく、法人全体の所得に含めて法人税等を計算します。

取得費が不明な場合

株式をいつ取得したのか古くてわからない場合や、購入時の資料が残っていない場合は、正確な取得費を確認できないことがあります。取得費が不明なままだと譲渡益を計算できないため、まずは売買契約書、取引報告書、通帳などの資料をできる限り確認することが大切です。

それでもわからない場合は、一定の条件のもとで概算取得費を用いる方法があります。概算取得費とは、譲渡収入金額の5％相当額を取得費とみなして計算する方法です。ただし、実際の取得費より低くなると譲渡益が大きくなり、税負担が増える可能性があります。そのため、安易に概算取得費を使うのではなく、まずは実際の取得費を確認できる資料がないか丁寧に探すことが重要です。

参考：国税庁「取得費が分からないとき」

非上場株式評価の注意点

非上場株式は、上場株式のように市場価格がないため、譲渡価額をどう考えるかが重要になります。特に親族間や同族会社間で株式を譲渡する場合は、当事者同士で自由に価格を決めたとしても、その金額が税務上そのまま認められるとは限りません。

著しく低い価格で譲渡した場合は、実質的に利益の移転があったとみなされ、贈与税など別の課税関係が問題になることがあります。また、非上場株式の価額は、会社の純資産や収益状況、会社規模などをもとに評価されることがあり、簡単に判断できないケースも少なくありません。非上場株式を譲渡する際は、価格設定の妥当性を慎重に確認することが大切です。

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株式譲渡の損失に関する税金のルール

株式譲渡で損失が出た場合は、利益が出た際とは異なる税務上の取扱いがあります。上場株式では損益通算や繰越控除が使えることがありますが、非上場株式では扱いが異なるため注意が必要です。ここでは、株式譲渡で損失が出た場合の基本的なルールを確認します。

参考：国税庁「上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」

上場株式の譲渡損失は他の利益と通算できるか

上場株式の譲渡で損失が出た場合は、一定の範囲で他の上場株式等の譲渡益と損益通算できます。つまり、ある株式では利益が出ていて、別の上場株式では損失が出ている場合、両者を相殺して課税対象となる利益を減らせる可能性があります。

ただし、どの利益とも自由に通算できるわけではありません。対象となる所得の範囲にはルールがあるため、上場株式等に関する損益通算として整理することが重要です。

上場株式の譲渡損失は配当所得と損益通算できるか

上場株式等の譲渡で損失が出た場合は、確定申告をすることで、その年の上場株式等の譲渡益や、申告分離課税を選択した配当所得等と損益通算できることがあります。株式の売却で損失が出ていても、配当を受け取っている場合は、これらを通算することで税負担を抑えられる可能性があります。

もっとも、配当所得との損益通算が認められるかどうかは、申告方法などによって扱いが異なります。そのため、譲渡損失がある場合は、配当との関係もあわせて確認しておくことが大切です。

上場株式の譲渡損失の繰越控除はできるか

上場株式等の譲渡で損失が出た場合、通算しても控除しきれない損失は、翌年以後3年間にわたって繰り越し、上場株式等の譲渡益や配当所得等から控除することが可能です。

ただし、繰越控除を受けるには、損失が出た年から継続して確定申告を行うことが必要です。また、一般株式等の譲渡益には使えず、相対取引による損失やNISA口座・ジュニアNISA口座で生じた損失は対象外です。

非上場株式で損失が出た場合

非上場株式で損失が出た場合は、原則として上場株式の損失と損益通算することも、翌年以降に繰り越すこともできません。

また、非上場株式は市場価格がないため、そもそも譲渡価額や損失額の妥当性が問題になることもあります。特に親族間や同族会社間の取引では、税務上の判断が複雑になりやすいため注意が必要です。

株式譲渡の税金に関する特例と税制改正

ここでは、株式譲渡に関する税制の特例措置を最近の税制改正について説明します。

事業承継税制

事業承継税制とは、中小企業や個人事業の後継者が事業を引き継ぐ際に、一定の要件を満たせば贈与税や相続税の納税が猶予される制度です。事業承継時の税負担を軽減し、円滑に経営を引き継げるようにすることを目的としています。

この制度には、会社の株式を対象とする法人版事業承継税制と、個人事業の事業用資産を対象とする個人版事業承継税制」があります。特例措置では承継計画の提出期限が令和8年度改正により延長されており、法人版は2027年9月30日まで、個人版は2028年9月30日までです。実際に贈与・相続の適用を受けられる期限は、法人版が2027年12月31日まで、個人版が2028年12月31日までとなっています。

参考：国税庁「事業承継税制特集」：中小企業庁「法人版事業承継税制（特例措置）」

取得費加算の特例

取得費加算の特例とは、相続や遺贈によって取得した財産を一定期間内に譲渡した場合に、納めた相続税の一部をその財産の取得費に加算できる制度です。取得費が増えることで譲渡益を圧縮でき、結果として譲渡所得にかかる税負担を軽減できる可能性があります。

主に、相続した株式や不動産を売却する場面で問題になる制度で、適用には期限や対象財産などの要件があります。相続後に株式を譲渡する可能性がある場合は、あわせて確認しておきたい特例です。

参考：国税庁「相続財産を譲渡した場合の取得費の特例」

ミニマムタックスの導入と強化

2025年分の所得から、金融所得の割合が高い高所得者を主な対象とする「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化」、いわゆるミニマムタックスが導入されました。これは、所得水準が高くなるほど実質的な税負担率が下がりやすいとされる「1億円の壁」への対応として設けられたもので、税負担の公平性を高めることが目的です。

さらに、令和8年（2026年）度税制改正では、このミニマムタックスが見直され、2027年分以後の所得税から適用が開始されます。主な改正内容は、特別控除額が3.3億円から1.65億円へ引き下げられること、そして適用税率が22.5％から30％へ引き上げられることです。

ミニマムタックスは、株式譲渡益そのものの税率を引き上げる制度ではありませんが、高額な譲渡益を得た場合には、所得全体に対する最低限の税負担を求める仕組みとして影響する可能性があります。特に、M&Aや非上場株式の売却などで多額の譲渡益が生じるケースでは注意が必要です。

参考：国税庁「極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置について」、財務省「令和８年度税制改正」

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株式譲渡と贈与・相続の税金の違い

株を家族や親族に引き継ぐ方法には、譲渡・贈与・相続がありますが、どの方法を選ぶかによってかかる税金は異なります。株式譲渡では譲渡益に対して税金がかかり、贈与では贈与税、相続では相続税が問題になります。どの方法が有利かは、株価や関係者の状況によって変わるため、一律に判断することはできません。ここでは、それぞれの違いを簡潔に整理します。

参考：国税庁「贈与税がかかる場合」/「上場株式の評価」

株式譲渡と贈与はどちらが有利か

株式譲渡と贈与のどちらが有利かは、株の価額や譲渡する相手、将来の相続も含めた全体設計によって変わります。株式譲渡は、売却によって利益が出た場合に譲渡所得に対する税金がかかりますが、適正な対価を受け取って移転できる点が特徴です。

一方、贈与は無償で株を移せる反面、受け取った側に贈与税がかかる可能性があります。また、無償での移転だけでなく、著しく低い価額で株を譲渡した場合も、実質的には贈与とみなされることがあります。 特に非上場株式を親族間で移す場合は、当事者間で自由に価格を決めたつもりでも、税務上は適正な時価との差額に課税関係が生じる可能性があるため注意が必要です。単純に「売るか、あげるか」だけで判断せず、税負担全体を比較することが大切です。

贈与で株を引き継ぐ場合の税金

株を贈与で引き継ぐ場合は、受け取った人に贈与税がかかることがあります。贈与税には、毎年の贈与額を基準に課税する暦年課税と、一定の条件のもとで将来の相続時に精算する相続時精算課税制度があります。どちらを使うかによって、現在の税負担や将来の相続時の取扱いが変わります。

贈与は、生前に株を計画的に移しやすい方法ですが、株価が高い場合は税負担が大きくなることもあります。特に非上場株式は評価方法によって贈与税額が変わりやすいため、事前に価額を確認することが重要です。制度の選択を誤ると、期待したほど税負担を抑えられないこともあるため、慎重に検討する必要があります。

相続で株を引き継ぐ場合の税金

相続で株を引き継ぐ場合は、株式そのものに対して相続税が関係します。相続税は、亡くなった人の財産全体をもとに計算されるため、株式だけでなく預貯金や不動産なども含めて判断する必要があります。

相続による株式の承継では、特に株式の評価額が重要です。上場株式は比較的評価しやすい一方、非上場株式は評価方法が複雑で、会社の規模や純資産、収益状況などによって金額が変わります。また、相続人が複数いる場合は、株式を誰が引き継ぐのかによって経営や議決権にも影響が出ることがあります。税金だけでなく、承継後の運営面も踏まえて考えることが大切です。

株式譲渡の税金と確定申告

株式を譲渡して利益や損失が出た場合は、確定申告が必要になることがあります。ただし、口座の種類や取引内容によっては申告が不要なケースもあります。ここでは、株式譲渡と確定申告の基本を解説します。

確定申告が必要なケース・不要なケース

株式を譲渡して利益が出た場合は、原則として確定申告が必要です。特に、一般口座で取引している場合や、源泉徴収なしの特定口座を利用している場合は、自分で譲渡所得を計算して申告しなければなりません。

一方、特定口座（源泉徴収あり）を利用している場合は、証券会社が税額の計算と源泉徴収を行うため、原則として確定申告は不要です。ただし、譲渡損失を損益通算や繰越控除に使いたい場合などは、申告したほうがよいことがあります。

参考：国税庁「確定申告が必要な方」 

確定申告の方法と必要書類

株式譲渡の確定申告は、確定申告書に譲渡所得の内容を記載して行います。申告方法には、e-Taxを利用する方法と、書面で提出する方法があります。

申告時に必要な書類は、以下のとおりです。

• 確定申告書第一表、第二表
• 確定申告書第三表（分離課税用）
• 株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書

譲渡損失の損益通算または繰越控除をする場合には、加えて下記の書類が必要です。

• 令和〇年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告書付表（上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除用）

上場株式等を証券会社で取引している場合は、「年間取引報告書」をもとに申告内容を確認するのが一般的です。

所得税の確定申告期間は、原則として翌年2月16日から3月15日までです。この期間内に申告書を提出し、納付すべき税額がある場合は納税も行う必要があります。期限を過ぎると、延滞税や加算税がかかる可能性があります。株式譲渡があった年は、必要書類を早めに確認し、余裕を持って準備を進めることが大切です。

参考：国税庁「令和7年分株式等の譲渡所得等の申告のしかた」

株式譲渡の税金に関するQ&A

株式譲渡をした際の税金についての疑問をQ&A形式で紹介します。

子どもへ株を譲渡した場合は申告が必要か

子どもへ株を有償で譲渡した場合、通常の譲渡と同じように利益が出ていれば、譲渡した側に申告が必要になることがあります。また、無償で渡した場合や、著しく低い価額で譲渡した場合は、子ども側に贈与税の申告が必要になる場合があります。そのため、親族間の譲渡であっても申告が不要とは限りません。譲渡なのか贈与なのかを含めて、取引の内容に応じた確認が必要です。

株式譲渡益を再投資しても税金はかかるか

原則として課税対象になります。株式譲渡の税金は、利益を現金として使ったかどうかではなく、株式を売却して譲渡益が確定したかどうかで判断されるため、売却で得た利益をそのまま別の株式や投資商品に再投資したとしても、課税関係は変わりません。

ただし、NISA口座などの非課税制度を利用している場合は、通常の課税口座とは取扱いが異なることがあります。どの口座で取引しているかによって税務上の扱いが変わるため、事前に確認しておくと安心です。

赤字でも確定申告をしたほうがよいか

株式譲渡で赤字になった場合は確定申告の義務はありませんが、したほうが節税につながるケースがあります。上場株式等の譲渡損失を他の譲渡益や配当所得と損益通算したい場合や、翌年以後に繰越控除を受けたい場合は、確定申告が必要です。一方で、申告をしなくても直ちに問題にならないケースもあります。損失を税務上活用したいのであれば、赤字でも申告を検討する価値があります。

まとめ

株式譲渡にかかる税金は、個人か法人か、上場株式か非上場株式か、また譲渡・贈与・相続のどの方法で株を移転するかによって取扱いが異なります。税率や計算方法の基本を押さえることはもちろん、損失が出た場合のルールや確定申告の要否、非上場株式ならではの株価算定にも注意が必要です。

特に、非上場株式の譲渡や親族間での移転、M&Aに伴う株式譲渡では、価格設定や税務判断が複雑になりやすく、思わぬ税負担が生じることもあります。さらに、事業承継税制や近年の税制改正が関係するケースでは、制度の理解がより重要になります。

株式譲渡の税金は、基本的な仕組みを理解することで全体像をつかみやすくなりますが、実際の取引では個別事情によって判断が分かれることも少なくありません。不安がある場合は、早い段階で税理士などの専門家に相談し、適切な方法で進めることが大切です。

M&Aや経営課題に関するお悩みはぜひ一度、M&Aロイヤルアドバイザリーにご相談ください。貴社の成長と成功を全力でサポートいたします。