会社を売却した際の税金はいくら？税金対策や手取りなどを解説

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M&A（合併・買収）による会社売却は、創業者にとって人生の節目となる大きな決断です。手間暇かけて育てた会社を売却する際、最終的に手元にどれだけの資金が残るかは重要な関心事でしょう。

本記事では、株式譲渡や事業譲渡といった会社売却の手法別に課税される税金の種類や計算方法、有効な税金対策などを解説します。

会社売却・M&Aで課税される税金の種類と納税主体早見表

会社売却・M&Aを実施する際には、選択する手法や売り手の属性（個人・法人）によって課税される税金が大きく異なります。主な会社売却の手法としては「株式譲渡」と「事業譲渡」があり、それぞれに異なる税制が適用されます。

以下の表では、会社売却の主な形態である「個人の株式譲渡」「法人の株式譲渡」「法人の事業譲渡」の3つの方法について、税金の種類や税率、課税方式などを比較しています。

	個人の株式譲渡	法人の株式譲渡	法人の事業譲渡
税金	所得税・住民税	法人税・住民税・事業税	法人税・住民税・事業税・消費税
税率	一律20.315%	約30〜34%	約30〜34%（＋消費税10%）
課税方式	申告分離課税	総合課税	総合課税
納税者	株式を譲渡した個人	株式を譲渡した法人	事業を譲渡した法人
10億円売却の税金例	約1.9億円（取得費を5%とした場合）	約3〜3.4億円	約3〜3.4億円＋消費税（課税対象部分）

株式譲渡と事業譲渡などで異なる税負担を徹底比較

M&Aにおける主な手法としては、株式譲渡、事業譲渡、組織再編（合併・会社分割など）があります。それぞれの手法によって、課税される税金の種類や金額が大きく異なります。

株式譲渡

株式譲渡は、会社のオーナーが保有する株式を買い手に売却することで、経営権を移転する手法です。中小企業のM&Aでは最も一般的な方法となっています。

株式譲渡の最大のメリットは、手続きが比較的シンプルで、事業の継続性が担保されることです。会社の法人格はそのまま維持されるため、従業員の雇用関係や取引先との契約関係にも影響が少なくて済みます。

税金面では、譲渡側が個人の場合、譲渡所得に対して一律20.315%の税率が適用され、法人の場合の約30〜34%と比較すると、税負担が軽い点がメリットです。

事業譲渡

事業譲渡は、会社の事業や資産・負債を買い手企業に移転する手法です。会社全体ではなく、特定の事業や資産のみを切り出して売却できる柔軟性が特徴です。

事業譲渡では、譲渡益（売却額から譲渡資産の帳簿価額を引いた金額）に対して法人税等が課税され、税率は約30〜34%です。さらに、譲渡対象資産に課税対象資産が含まれている場合は消費税も発生します。

事業譲渡では、不動産や車両などの資産を移転する場合、登録免許税や不動産取得税なども発生するため、買い手側にとっても追加コストが生じる点に注意が必要です。

組織再編

組織再編（合併・会社分割など）は、複数の法人間で経営統合や事業承継を行う手法です。組織再編では、「税制適格」か「税制非適格」かによって税務上の取り扱いが異なります。

税制適格の要件を満たせば、資産の移転に伴う譲渡損益の計上が繰り延べられ、課税が発生しません。また、被合併法人等の繰越欠損金を引き継ぐことも可能です。

一方、税制非適格の場合は、移転資産の時価評価が行われ、譲渡損益に課税されます。税制適格の要件には、継続事業要件や従業員引継要件など複数の条件があるため、事前に専門家に相談することが重要です。

個人株主が株式を売却するときの税金

個人株主が会社売却（株式譲渡）で得た利益は、「譲渡所得」として所得税・住民税の課税対象となります。この譲渡所得は、他の所得とは区別して「申告分離課税」として計算されます。

計算式

個人株主の株式譲渡における課税額は、以下の計算式で求められます。

譲渡所得 = 譲渡収入金額 -（取得費 + 譲渡費用）

課税額 = 譲渡所得 × 20.315%（所得税15.315% + 住民税5%）

「譲渡収入金額」とは、株式の売却価格のことです。「取得費」は株式を取得した際の費用（出資額や購入費用など）を指します。株式の取得時期が古く取得費が不明な場合は、譲渡収入金額の5%を概算取得費として控除することも認められています。

「譲渡費用」は、株式を譲渡する際に直接要した費用のことで、M&A仲介会社への手数料、弁護士費用、契約書作成費用などが含まれます。

例えば、1億円で株式を売却し、当初の出資額（取得費）が1,000万円、M&A仲介手数料（譲渡費用）が500万円の場合、譲渡所得は8,500万円、課税額は約1,727万円、手取り額は約7,773万円となります。

必要書類

個人株主が株式譲渡を行った場合、翌年の確定申告時に必要となる主な書類は、確定申告書B、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書、株式譲渡契約書の写し、取得費と譲渡費用を証明する書類などです。

特に株式の取得費や譲渡費用について、証明できる書類を保管しておくことが重要です。取得費が不明な場合は、概算取得費（譲渡収入金額の5%）を使用することも可能です。

所得税・住民税などの内訳

個人株主の株式譲渡にかかる税金の内訳は、所得税（15%）、復興特別所得税（所得税額の2.1%＝譲渡所得に対して0.315%）、住民税（5%）となっています。

合計すると、株式譲渡益に対して20.315%の税率が課されることになります。この税率は高額所得者であっても一律に適用されるため、事業所得や給与所得などの累進課税と比較すると、税負担が抑えられる場合があります。

ただし、2025年度税制改正により、基準所得金額（各種所得を合算した金額）から3.3億円を控除した金額に22.5%の付加税が課される場合があります。この改正は、極めて高い水準の所得に対する課税強化策として、株式譲渡所得を含む特定の所得に適用されるものです。

参考：財務省

法人株主が株式を売却するときの税金

法人株主が株式を売却した場合、その売却益は法人の課税所得として計上され、法人税等が課税されます。個人株主と異なり、他の所得と合算して総合課税されるため、法人全体の損益状況によって実際の税負担は変動します。

計算式

法人株主の株式譲渡における課税額は、以下の計算式で求められます。

譲渡益 = 譲渡収入金額 -（取得価額 + 譲渡費用）

課税額 = 譲渡益を含めた法人の所得 × 実効税率（約30〜34%）

例えば、株式を1億円で売却し、帳簿上の取得価額が3,000万円、譲渡費用が500万円の場合、譲渡益は6,500万円となります。譲渡益が法人の課税所得に加算され、法人全体の所得に対して法人税等が課税されます。

なお、法人の場合、繰越欠損金がある場合はその欠損金を将来の所得から控除することが可能です。また、特定の要件を満たす場合は益金不算入制度の適用など、様々な税務上の特例措置があります。

必要書類

法人株主が株式譲渡を行った場合、法人税の確定申告時に必要となる主な書類は、法人税申告書（別表一、四、五など）、勘定科目内訳明細書、株式譲渡契約書の写し、株式の取得価額と譲渡費用を証明する書類などです。

法人税の申告は会計処理と連動しているため、株式譲渡に関する会計処理が適切に行われていることも重要です。

所得税・住民税などの内訳

法人株主の株式譲渡にかかる税金の内訳は、法人税（約23.2%）、地方法人税（法人税額の10.3%）、法人住民税（均等割・法人税割）、法人事業税（所得割）です。

なお、資本金1億円以下の中小法人は、所得のうち年800万円以下の部分については軽減税率（15%）が適用されます。これらを合計した法人税等の実効税率は、約30〜34%となります。

中小企業については、軽減税率や各種の税制優遇措置が設けられているため、具体的な税負担については税理士等の専門家に相談することをおすすめします。

会社売却・M&A前にできる3つの節税対策チェックリスト

会社売却やM&Aを検討する際、事前に適切な節税対策を講じることで、納税額を大幅に減らし、手元に残る資金を増やすことが可能です。

主な節税対策としては、役員退職慰労金の活用、決算期変更や欠損金の活用、会社分割や第三者割当増資による資産の切り出しなどがあります。

役員退職慰労金を活用する

役員退職慰労金の活用は、会社売却における最も一般的な節税対策の一つです。M&Aで会社を売却する際、売却代金の一部を役員退職慰労金として受け取ることで、税負担を軽減できる可能性があります。

役員退職慰労金は「退職所得」として課税され、以下の計算式で税額が決まります。退職所得 =（退職金 – 退職所得控除額）× 1/2 ※勤続年数が5年以下の場合は1/2の控除なし

退職所得控除額は勤続年数に応じて計算され、勤続20年以下なら40万円×勤続年数、勤続20年超なら800万円＋70万円×（勤続年数-20年）となります。

例えば、勤続30年のオーナー社長が1億円の役員退職慰労金を受け取った場合、退職所得控除額は1,500万円となり、課税対象額は4,250万円になります。この金額に所得税・住民税が課税されますが、通常の給与所得や譲渡所得よりも税負担が軽減される場合が多いです。

決算期変更・欠損金活用で売却益を圧縮

事業譲渡によるM&Aの場合、譲渡益に対して法人税等が課税されますが、決算期変更や繰越欠損金の活用により、課税所得を圧縮することが可能です。

会社に過去の欠損金（赤字）がある場合、その欠損金を譲渡益と相殺することで、課税所得を減らすことができます。繰越欠損金は原則として10年間繰り越すことができます。

また、決算期を変更することで、売却益が発生する事業年度に大きな経費を計上し、課税所得を圧縮する方法もあります。例えば、設備投資や役員賞与の支給、広告宣伝費の前倒し計上などにより、一時的に経費を増やすことが考えられます。

ただし、これらの方法は税務調査の対象になりやすいため、経済合理性のある範囲内で行うことが重要です。

会社分割・第三者割当増資で資産を切り出す

会社売却前に、会社分割や第三者割当増資を活用して資産を切り出すことも有効な節税対策となります。

特に「ヨコの会社分割（分割型分割）」は効果的です。これは、現在の会社から新会社を作り、本業に直接関係のない不動産や余剰資金などを新会社に移してから、本業だけを残した元の会社を売却する方法です。

メリットは、株式譲渡の対象となる会社の資産価値が減少することで、譲渡価額も下がり、結果的に譲渡益と納税額が減少する点にあります。特に個人株主の場合、株式の譲渡益に対する税率（20.315%）は、会社の所得に対する法人税等の実効税率（約30〜34%）よりも低いため、相対的に節税効果が高くなります。

また、第三者割当増資を活用し、株式の譲渡ではなく、増資で買い手に株式を取得してもらう方法もあります。この場合、譲渡益が発生しないため、株主に対する課税が生じません。

会社売却・M&A後に必要な税金の申告・納税スケジュール

会社売却やM&Aが完了した後は、適切なタイミングで税金の申告と納税を行う必要があります。個人株主と法人株主では申告・納税のスケジュールが異なります。

個人株主の申告・納税スケジュール

個人株主が株式譲渡を行った場合、翌年の確定申告期間中に申告と納税を行います。具体的には、株式譲渡があった翌年の2月16日〜3月15日に確定申告書を提出し、所得税と復興特別所得税の納付も同時期に行います。

住民税は確定申告の内容に基づいて、お住まいの自治体から納税通知書が送付され、通常、翌年の6月、8月、10月、翌々年1月の4回に分けて納付します。

例えば、2025年にM&Aで株式を譲渡した場合、2026年2月16日〜3月15日に確定申告を行い、所得税と復興特別所得税を納付します。住民税は2026年6月以降に納付することになります。

法人株主の申告・納税スケジュール

法人株主が株式譲渡を行った場合、法人の決算に合わせて申告と納税を行います。具体的には、事業年度終了後2ヶ月以内に法人税申告書を提出し、法人税、地方法人税、法人住民税、事業税の納付も同時期に行います。

例えば、3月決算の法人が2025年9月に株式譲渡を行った場合、2026年3月の事業年度終了後、5月末までに法人税等の申告・納付を行うことになります。

なお、法人の場合は事業年度途中でも中間申告・納付が必要になる場合があります。前事業年度の法人税額が20万円を超える場合、事業年度開始から6ヶ月経過時点で中間申告・納付が必要です。

延納・分割納付

株式譲渡などで高額な税金が発生する場合、一度に納付することが難しいケースもあります。そのような場合には、延納や分割納付の制度を利用することも検討できます。

所得税の延納制度は、納期限までに納付が困難な場合に利用できます。納期限までに延納申請書を提出し、納付すべき税額の半分以上を納付することで、残りの税額を5月31日まで延納できます。延納期間中は年0.9％の利子税がかかります。

参考：国税庁

また、災害や病気、事業の休廃止など、やむを得ない理由で納税が困難な場合は納税の猶予制度を申請できます。申請が認められると、最長1年間納税を猶予されます。猶予期間中は本来の延滞税より低い利率の延滞税がかかります。

会社売却・M&Aで専門家に依頼する際に注意すべき3つのこと

会社売却・M&Aは複雑な手続きが多く、税務面でも専門的な知識が必要となるため、専門家のサポートは不可欠です。

各専門家の役割比較

会社売却・M&Aにおいては、主に以下の専門家が関わります。

M&Aアドバイザー（仲介会社）：買い手企業の発掘から交渉、最終契約締結までの全体プロセスをサポート。企業価値評価や交渉戦略の立案も担当。

税理士：会社売却に伴う税務計画の立案や節税対策の提案、確定申告や各種税務申告書の作成を担当。

公認会計士：財務デューデリジェンス（買収監査）への対応や企業価値評価の精査、財務諸表の適正性の確認を行う。

弁護士：各種契約書の作成・レビューや法務デューデリジェンスへの対応、法的リスクの分析と対策を担当。

特に税務面では、M&Aの早い段階から税理士に相談し、税務リスクの洗い出しや節税対策を検討することが望ましいでしょう。

報酬体系の相場

会社売却・M&Aに関わる各専門家の報酬体系は以下のとおりです。依頼前に報酬体系を明確に確認し、予算を立てておくことが重要です。

M&Aアドバイザー（仲介会社）の報酬は、成功報酬型（売却額の3〜5%）、着手金+成功報酬型（着手金100〜500万円+成功報酬2〜4%）、完全成功報酬型（着手金なし、成功報酬3〜5%）などがあります。

税理士の報酬は、時間報酬制（1時間あたり1万円程）、顧問料制（月額5〜15万円）、成果報酬制（節税額の10〜20%、限度額あり）などがあります。

報酬体系は専門家によって様々であり、同じ種類の専門家でも個人や事務所によって異なります。複数の専門家に相見積もりを取り、サービス内容と報酬のバランスを考慮して選ぶことをお勧めします。

依頼前の相談時に確認すべきこと

専門家に依頼する前の相談時には、過去の実績（同業種・同規模のM&A案件の実績数、成功事例と失敗事例など）、具体的なサポート内容（提供するサービスの内容と範囲、サポート期間など）、費用と支払い条件（報酬体系の詳細、追加費用の可能性など）、コミュニケーション方法（連絡頻度、緊急時の対応方法など）を確認しておくことが重要です。

これらの点を明確にすることで、後々のトラブルや認識のズレを防ぐことができます。特に税務面では、事前に節税対策の提案内容や想定される税負担などを具体的に確認しておくことが大切です。

M&Aの相談ならM＆Aロイヤルアドバイザリー

M&Aロイヤルアドバイザリーは、中堅・中小企業のオーナーを対象に事業承継や会社・事業の譲渡を支援するM&A仲介会社です。特徴は以下のような点にあります。

完全成功報酬型の手数料体系

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一貫したサポート体制

税務面での強み

国内企業への強いネットワーク

特に、税金面での配慮が必要な会社売却において、オーナー経営者にとって心強いパートナーとなるでしょう。

会社売却・M&Aで課税される税金に関するよくある質問

会社売却・M&Aに関連する税金について、よくある質問とその回答をまとめました。

会社を1億で売却したら税金はいくらかかる？

会社を1億円で売却した場合の税金は、売却方法や売り手の属性（個人・法人）、取得費などによって異なります。

個人株主が株式譲渡で1億円の売却価格を得た場合、取得費が1,000万円、譲渡費用が500万円とすると、譲渡所得は8,500万円となります。この譲渡所得に対して20.315%の税率がかかるため、約1,727万円の税金が発生します。

一方、法人株主が同じ条件で株式譲渡を行った場合、譲渡益8,500万円に対して約30〜34%の法人税等がかかるため、約2,550〜2,890万円の税金が発生します。

会社売却の際の手取りはどれくらい？

会社売却時の手取り額は、売却価格から各種費用と税金を差し引いた金額となります。主な費用としては、M&A仲介手数料、弁護士費用、税理士費用などがあります。

例えば、個人株主が1億円で会社を売却し、M&A仲介手数料が500万円、その他費用が200万円、譲渡所得税が約1,686万円（取得費1,000万円の場合）とすると、手取り額は約7,614万円になります。

このように、1億円の売却でも、実際の手取り額は7,000万円台になります。役員退職慰労金を活用すれば、税金の負担を軽減できる可能性もあります。

会社を無償で売却するには？

会社を完全に無償で譲渡することも可能ですが、税務上はいくつかの注意点があります。

個人が他の個人に株式を無償譲渡（贈与）する場合、受け取った側に贈与税が課税されます。贈与税は、1年間の贈与額が基礎控除額の110万円を超えると課税対象となります。

個人が法人に株式を無償譲渡する場合、譲渡側には時価で譲渡したとみなして譲渡所得税が課税され、受け取った法人側には受贈益として法人税が課税されることがあります。

無償譲渡を検討する際には、税務上、適正な時価評価が必要となる場合があり、親族への譲渡は特に税務調査の対象になりやすい点に注意が必要です。

まとめ：税金を最小化しつつ会社売却を成功させるポイント

会社売却・M&Aを成功させるためには、単に高値で売却するだけでなく、税金を適切に管理して手取り額を最大化することが重要です。

会社売却の手法（株式譲渡・事業譲渡・組織再編）によって課税される税金の種類や金額が大きく異なるため、自社の状況に最適な手法を選択することが重要です。一般的に、個人株主の場合は株式譲渡が税率の面で事業譲渡よりも有利とされていますが、事業の一部のみを売却したい場合は事業譲渡が適しているなど、目的に応じた選択が必要です。

事前の節税対策として、役員退職慰労金の活用、決算期変更や欠損金の活用、会社分割や第三者割当増資による資産の切り出しなどを検討することで、税負担を大幅に軽減できる可能性があります。 M&Aや経営課題に関するお悩みはM&Aロイヤルアドバイザリーへご相談ください。