合同会社とは？株式会社との違いやメリット・デメリットを徹底解説

合同会社は、出資者が経営を行う比較的新しい会社形態として、近年多くの起業家に選ばれています。2006年の会社法改正で導入されて以来、設立費用の安さや経営の自由度の高さから、設立件数は着実に増加しています。 

しかし、株式会社との違いやメリット・デメリットを正しく理解せずに会社形態を選択してしまうと、将来の事業拡大や資金調達、M&A・事業承継時に思わぬ制約に直面する可能性があります。 

本記事では、合同会社の基本的な仕組みから設立手順、株式会社との具体的な違い、さらには事業承継やM&Aでの注意点まで、中小企業経営者が知っておくべき合同会社の全てを詳しく解説します。適切な会社形態選択で、事業の成功につなげましょう。 

合同会社とは？

合同会社は、出資者が会社の所有者として経営を行う、つまり所有と経営が一致した会社形態です。2006年の会社法改正で新たに導入された比較的新しい制度で、アメリカのLLC（LimitedLiabilityCompany）をモデルとして設計されています。現在では設立件数が着実に増加しており、小規模事業の法人化に活用されるケースが多くなっています。 

合同会社の定義と法的位置づけ 

合同会社は会社法上「持分会社」に分類される法人格です。日本の会社形態は「株式会社」「合同会社」「合名会社」「合資会社」の4種類があり、合同会社は合名会社や合資会社と同様に持分会社のカテゴリーに属します。株式会社とは異なる特徴を持つ独立した会社形態として法的に認められています。 

所有と経営が一致する合同会社の特徴 

合同会社の基本的な特徴は「出資者（社員）＝経営の主体」である点です。株式会社では原則として出資者（株主）と経営者（取締役）が分離していますが、合同会社では出資した社員が原則として会社の意思決定に関与し、定款の定めにより業務執行社員として経営に直接携わることができます。

定款で業務執行社員を定めた場合、その他の社員は経営の執行には直接関与しないことも可能です。この仕組みにより、迅速な意思決定と柔軟な経営が可能になります。 

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持分会社としての合同会社の性質 

持分会社である合同会社では、出資者の権利を「持分」と呼びます。出資者は「社員」と呼ばれ、全社員がその出資額を限度として債権者に対して責任を負う「有限責任社員」です（会社法第576条4項、第580条2項）。 

原則として、業務執行に関する意思決定において、社員は一人一票の議決権を持ちますが（会社法第590条2項参照、ただし定款で別段の定めが可能）、定款で定めることにより、利益配分や経営に関する権限、特定の事項に関する議決権の扱いなどを出資額や貢献度に応じて柔軟に設計できるのが大きな特徴です。 

合同会社の設立数推移と選ばれる背景 

合同会社は導入以来着実にその数を増やしており、総務省統計局の「登記統計商業・法人」によると2020年には設立件数が33,236社に達し、2023年には40,751社となっています。

設立費用の安さや経営の自由度の高さから、小規模事業者に選ばれる傾向があります。また、Apple、Google、Amazonなど世界的大企業の日本法人も合同会社の形態を採用しており、認知度も徐々に向上しています。 

合同会社の役職と組織構造

合同会社の組織構造は株式会社とは大きく異なります。出資者である「社員」を中心とした組織構成となっており、定款で定めることにより役割分担を柔軟に設計できます。ここでは合同会社特有の役職と組織の仕組みについて詳しく解説します。 

社員（出資者）が基本となる組織構成 

合同会社では出資者のことを会社法上の「社員」と呼びます。原則として、各社員は出資額の多寡にかかわらず一人一票の議決権を持ち、かつ、各社員が業務執行権（会社法第590条1項）及び代表権（会社法第599条1項）を有します。

ただし、これらの業務執行権や代表権は、定款で特定の社員（業務執行社員や代表社員）に限定することが可能です。この出資者が原則として経営の主体となる点が、所有と経営が分離している株式会社の株主とは大きく異なる特徴です。 

代表社員は会社を代表する権限を持つ 

代表社員は合同会社を対外的に代表する権限を持つ役職です。株式会社の代表取締役に相当する立場で、契約締結や法的手続きを行う権限があります。業務執行社員が1名の場合はその者が代表社員となり、複数いる場合は選出されます。 

業務執行社員は経営に直接関わる 

業務執行社員は会社の日常的な経営業務を執行する権限を持つ社員です。株式会社の取締役に相当し、経営方針の決定や業務の指揮監督を行います。定款で定めることにより、一部の社員に業務執行権を限定することも可能です。 

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株式会社の役職との違い 

合同会社と株式会社では、役職の権限や責任が大きく異なります。主な違いは以下の通りです。 

社員と株主の違い

• 合同会社の社員：出資者であり、原則として業務執行権（会社法第590条1項）と代表権（会社法第599条1項）を持ちます 。ただし、定款で業務執行社員や代表社員を別途定めた場合、これらの権限は当該業務執行社員や代表社員に限定されることがあります。
  
• 株式会社の株主： 出資者だが業務執行権・代表権は持たない 。

業務執行社員と取締役の違い 

• 合同会社の業務執行社員： 定款で選任され、業務執行権を持ちます。代表社員が別途定められていない場合、または業務執行社員が1名の場合は、その業務執行社員が会社を代表します（会社法第599条1項、2項）。 

• 株式会社の取締役：取締役会非設置会社においては、原則として各自が業務執行権と代表権を持ちます（会社法第348条、第349条1項）。取締役会設置会社では、取締役会の決議に基づき代表取締役が業務を執行し、その他の取締役は取締役会の構成員として業務執行の決定や監督に関与します（会社法第362条、第363条）。 

代表社員と代表取締役の違い 

• 合同会社の代表社員： 必ず出資者（社員）です 。業務執行社員を定款で定めている場合は、その業務執行社員の中から選任されるのが一般的です（会社法第599条3項）。
  
• 株式会社の代表取締役： 必ずしも出資者（株主）である必要はありません。取締役の中から、取締役会設置会社の場合は取締役会の決議で、取締役会非設置会社の場合は定款の定めまたは株主総会の決議、あるいは取締役の互選によって選定されます（会社法第349条3項、第362条2項3号）。 

登記における違い

• 合同会社： 代表社員の氏名及び住所、業務執行社員（代表社員を除く）の氏名が登記されます（会社法第912条）。ただし、業務を執行しない社員は登記されません 。

• 株式会社：代表取締役の氏名及び住所、取締役の氏名が登記されます（会社法第911条）。 

このように合同会社では所有と経営が一致しているため、社員が経営にも参画する点が根本的に異なります。 

合同会社と株式会社の5つの違い

合同会社と株式会社には、設立費用から運営方法まで多くの違いがあります。どちらの会社形態を選ぶかは事業戦略に大きく影響するため、主要な違いを理解しておくことが重要です。 

項目	合同会社	株式会社
設立費用	約10万円	約25万円
意思決定	社員の合意	株主総会
代表者名称	代表社員	代表取締役
決算公告	不要	義務あり
役員任期	制限なし	最長10年

設立費用は約15万円の差がある 

最も分かりやすい違いが設立費用です。合同会社は株式会社と比較して大幅に設立コストを抑えることができ、起業時の初期投資を軽減できます。具体的な費用内訳は以下の通りです。 

• 合同会社：電子定款の場合約6万円（登録免許税6万円）。紙の定款の場合はこれに収入印紙代4万円が加わり約10万円。
  
• 株式会社：電子定款の場合約20万2千円～（登録免許税15万円、定款認証手数料3万円～5万円（資本金額による）、定款謄本手数料約2千円）。紙の定款の場合はこれに印紙代4万円が加わり約24万2千円～。電子定款を利用した場合でも、合同会社の方が株式会社よりも約14万円以上設立費用を抑えられます。 

意思決定は社員の合意で迅速に行える 

株式会社では重要な事項を決定する際に株主総会の開催が必要ですが、合同会社では社員の合意により意思決定を行います。株主総会の招集通知や議事録作成などの手続きが不要なため、迅速な経営判断が可能です。特に少人数での事業運営では、この機動性は大きなメリットとなります。 

代表者は代表社員と呼ばれる 

株式会社の代表者は「代表取締役」と呼ばれますが、合同会社では「代表社員」となります。権限や責任は類似していますが、選任方法が異なります。株式会社では株主総会で取締役を選任し、取締役会で代表取締役を選定しますが、合同会社では業務執行社員の中から代表社員を選出する仕組みです。 

決算公告義務がなく運営コストを削減 

株式会社は毎年決算期ごとに決算公告が義務付けられており（会社法第440条）、官報掲載の場合、最低でも81,765円の費用がかかります。一方、合同会社には決算公告義務がないため、この費用負担がありません。年間8万円の削減は小規模事業者にとって大きなコスト削減効果となります。 

役員任期の制限がない 

株式会社の取締役の任期は原則2年（非公開会社は定款で定めることにより最長10年まで伸長可能。会社法第332条）ですが、合同会社の社員（業務執行社員、代表社員を含む）には法律上の任期制限がありません。そのため、同じ人が長期間経営に携わることができ、株式会社で発生するような定期的な役員変更登記の費用（資本金1億円以下の場合1万円、1億円超の場合3万円）も原則として発生しません。経営の安定性と継続的なコスト削減の両面でメリットがあります。 

合同会社設立の5つの主要メリット

合同会社は株式会社と比較して多くのメリットがあり、特に小規模事業や起業時において優位性を発揮します。コスト面での優位性から経営の自由度まで、事業運営に直結する5つの主要なメリットについて詳しく解説します。 

設立費用を約10万円に抑えられる 

合同会社の設立費用は約10万円と、株式会社の設立費用と比較して半分以下に抑えられます。登録免許税6万円と定款印紙代4万円が主な費用で、電子定款を利用すれば印紙代は不要となり、さらに費用を削減できます。起業時の初期投資を抑えたい事業者にとって、この15万円の差額は大きなアドバンテージとなります。 

株主総会不要で迅速な意思決定を実現 

合同会社では株主総会に相当する意思決定機関の設置が不要で、社員間の合意により重要事項を決定できます。株主総会の招集通知作成、会場手配、議事録作成などの煩雑な手続きが不要なため、市場環境の変化に素早く対応できます。特にスタートアップ企業では、この機動性が競争優位の源泉となります。 

定款で自由な経営ルールを設定可能 

合同会社の定款では、利益配分や経営権限について柔軟なルール設定が可能です。出資額に関係なく貢献度に応じた利益配分を行ったり、特定の社員に経営権限を集中させたりといった設計ができます。事業の性質や関係者の役割に応じて最適な組織構造を構築できるため、効率的な経営体制を整えられます。 

法人税率適用で個人事業主より節税効果大 

合同会社は法人税の課税対象となります。中小法人（資本金1億円以下の法人など、一定の条件あり）の場合、所得800万円以下の部分については15%、800万円超の部分については23.2%の法人税率が適用されます。（この軽減税率は令和9年3月31日までに開始する事業年度まで適用）

個人事業主の所得税は累進課税で最高45%まで上がるため、所得が増加するほど法人化の節税効果が大きくなります。また、給与や賞与、生命保険料なども経費として計上できるため、個人事業主より幅広い経費計上が可能です。 

将来的な株式会社への組織変更が可能 

事業拡大により上場を目指す場合や、より多くの資金調達が必要になった場合は、組織変更手続きにより株式会社に移行できます。

組織変更にかかる費用は、登録免許税（株式会社の設立登記3万円と合同会社の解散登記3万円の合計6万円）と官報公告費用（約3万5千円程度）を合わせて約10万円程度が目安となります。まずは合同会社で事業を開始し、成長段階に応じて株式会社に移行するという戦略的な活用も可能です。 

合同会社設立の3つの重要なデメリット

合同会社には多くのメリットがある一方で、事業運営において注意すべきデメリットも存在します。特に将来的な事業拡大や資金調達を視野に入れている場合は、これらのデメリットを十分に理解した上で会社形態を選択することが重要です。 

株式会社より社会的信用度が劣る 

合同会社は比較的新しい会社形態で認知度が低く、株式会社と比較して社会的信用度が劣る傾向があります。特にBtoBビジネスでは、取引先企業が合同会社との契約を躊躇するケースや、金融機関からの融資審査で不利になる可能性があります。

また、優秀な人材の採用においても、会社の安定性や将来性に疑問を持たれる場合があります。 

株式発行による資金調達ができない 

合同会社は株式を発行できないため、株式による資金調達が不可能です。資金調達手段は銀行融資、補助金・助成金、社債発行などに限定され、特に大規模な資金調達が必要な場合は制約となります。

また、ベンチャーキャピタルからの投資を受けることも困難で、急速な事業拡大を目指すスタートアップには不向きな側面があります。社債発行は可能ですが、負債扱いとなるため償還義務があり、株式投資とは性質が異なります。 

持分譲渡や事業承継の手続きが複雑 

合同会社では、社員がその持分の一部または全部を第三者に譲渡する場合、原則として他の社員全員の同意が必要です（会社法第585条1項）。

ただし、この規定は強行規定ではなく、定款で別段の定めをすることにより、例えば特定の社員の承認や社員総会での多数決による承認といった異なる手続きを定めることが可能です（同条4項）。

この原則は、合同会社が社員間の個人的信頼関係を基礎とする閉鎖的な会社形態であることを反映しています。

事業承継においても、後継者への持分譲渡や代表社員の交代には、この原則及び定款の定めが影響し、株式会社に比べて手続きが煩雑になる可能性があります。 社員間で意見が対立した場合、譲渡手続きが進まず事業承継が困難になるリスクがあります。

そのため、将来的なM&Aや事業承継を検討している場合は、事前に社員間での合意形成の仕組みを整備しておくか、必要に応じて株式会社への組織変更を検討することが重要です。 

合同会社のM&A・事業承継で注意すべきポイント

合同会社のM&Aや事業承継は、株式会社と比較して特有の課題があります。中小企業の事業承継において、これらの課題を事前に理解し適切に対処することが成功の鍵となります。ここでは実務的な観点から重要なポイントを解説します。 

持分譲渡には社員全員の同意が必須 

合同会社の持分譲渡は会社法第585条1項により、他の社員全員の同意が必要とされています。これは株式会社の株式譲渡とは大きく異なる点で、一人でも反対する社員がいれば譲渡手続きを進めることができません。そのため、M&Aを検討する際は早期から社員間での合意形成を図り、譲渡条件や手続きについて十分な協議を行うことが重要です。 

事業承継時は株式会社より手続きが困難 

合同会社の事業承継では、代表社員の交代についても全社員の同意か業務執行社員の互選によって決める必要があり、これは定款によって定められます。後継者候補を社員として迎え入れる場合や、既存社員の中から後継者を選定する場合も、複雑な手続きが発生します。

また、持分の評価方法についても明確な基準がなく、社員間での認識の相違が生じやすいのが現状です。事業承継を円滑に進めるためには、早期から承継計画を策定し、社員間での合意形成を進めることが不可欠です。 

合同会社対応のM&A仲介会社選びが重要 

合同会社のM&Aは株式会社と比較して案件数が少ないため、対応できるM&A仲介会社が限定されます。合同会社特有の法的手続きや評価方法に精通した専門家を選定することが重要です。実績と専門性を兼ね備えた仲介会社と早期に連携することで、スムーズなM&A実行が可能となります。 

事前の組織変更も選択肢として検討 

M&Aや事業承継の検討段階で、株式会社への組織変更を行うことも有効な選択肢です。組織変更により株式譲渡が可能となり、より柔軟なM&A手法を選択できるようになります。

組織変更には一定の費用と時間がかかりますが、M&Aの成功確率向上と取引条件の改善につながる可能性があります。事業の将来戦略を踏まえ、適切なタイミングでの組織変更を検討することが重要です。 

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合同会社に適した業種と事業規模の判断基準

合同会社の特徴を活かせる業種や事業規模には一定の傾向があります。設立費用の安さや経営の自由度の高さを活用できる分野で特に効果を発揮します。ここでは具体的な業種と事業規模の判断基準について解説します。 

少人数のスタートアップ企業に最適 

合同会社は社員数が数人程度の小規模なスタートアップ企業に最適な会社形態です。迅速な意思決定が可能で、出資額に関係なく各社員の貢献度に応じた利益配分ができるため、創業メンバー間の公平性を保ちながら事業を運営できます。

また、設立費用が安く済むため、限られた資金を事業開発に集中投資できる点も大きなメリットです。特に技術系スタートアップでは、各メンバーの専門性や役割に応じた柔軟な組織設計が可能となります。 

一般消費者向けBtoC事業での活用 

BtoC事業では顧客が会社形態を重視しないケースが多いため、ITサービス、カフェ、美容サロン、学習塾、ペットショップ、フィットネスジムなど、サービス名やブランド名を前面に押し出すビジネスモデルでは、合同会社形態が適しています。

これらの業種では顧客との直接的な関係が重要で、会社の法的形態よりもサービス品質や価格競争力が事業成功の要因となります。 

将来のM&A戦略を考慮した選択基準 

将来的なM&Aや事業売却を視野に入れている場合は、事業の性質と成長戦略を総合的に判断する必要があります。短期間での急成長を目指す場合や、早期のバイアウトを計画している場合は、株式会社での設立を検討した方が良いケースもあります。

一方、安定的な事業成長を目指し、将来的に組織変更による株式会社移行も視野に入れている場合は、まず合同会社で事業を開始し、適切なタイミングで組織変更を行う戦略も有効です。事業規模の拡大予測、資金調達計画、上場の可能性などを総合的に考慮し、最適な会社形態を選択することが重要です。 

合同会社の設立手順と必要書類

合同会社の設立手続きは株式会社と比較してシンプルですが、適切な準備と書類作成が必要です。ここでは設立から登記完了まで、4つのステップに分けて詳しく解説します。手続きの流れを理解することで、スムーズな会社設立が可能となります。 

設立前に決めるべき基本事項 

まず会社設立に必要な基本事項を決定します。決めるべき項目と留意点は以下の通りです。

項目	留意点
商号（会社名）	同一住所で同一社名は使用不可
事業目的	営利性と法的適合性を確認
本店所在地	変更時に登記費用が発生
資本金額	1円から可能だが信用力を考慮
社員構成	代表社員と業務執行社員を決定
事業年度	国の会計年度や暦年に合わせるのが一般的

定款作成時の注意点 

定款には合同会社運営の基本ルールを記載します。定款の絶対的記載事項として、1.目的、2.商号、3.本店の所在地、4.社員の氏名又は名称及び住所、5.社員の全部を有限責任社員とする旨、6.社員の出資の目的及びその価額又は評価の基準、が含まれます（会社法第576条1項）。 

株式会社とは異なり、合同会社の定款は公証人による認証が不要なため、手続きが簡素化されています。ただし、利益配分や経営権限について特別な取り決めがある場合は、詳細に定款に記載することが重要です。

電子定款を利用すれば収入印紙代4万円を節約できるため、専門家に依頼することを検討するとよいでしょう。 

登記申請の流れと必要書類 

登記に必要な書類は約10種類あります。主な必要書類は以下の通りです。

• 会社設立登記申請書：会社の基本事項を記載
• 定款：作成したものを提出
• 印鑑届書：実印として使う印影を届出
• 代表社員就任承諾書：定款に記載がない場合
• 本店所在地決定書：定款に詳細記載がない場合
• 登記すべき事項を記録したCD-Rまたは書面：登記事項をすべて記載
• 代表社員の印鑑証明書：代表社員個人の印鑑証明書（該当する場合） 
• 払込証明書：定款認証日以降の振込日を証明
• 登録免許税の収入印紙：資本金の0.7％または6万円の高い方

書類作成例は法務局ホームページで確認できるため、事前に参照することをお勧めします。 

設立後に行う各種手続き 

登記申請後、1-2週間で登記が完了します。登記完了後は税務署への法人設立届出書、都道府県・市町村への法人設立届出書の提出が必要です。

従業員を雇用する場合は労働基準監督署、ハローワークでの手続きも行います。社会保険への加入手続き、法人口座の開設、各種契約の法人名義への変更なども必要です。

これらの手続きを漏れなく行うことで、法人としての事業運営を開始できます。設立後の手続きは期限が設定されているものもあるため、計画的に進めることが重要です。 

まとめ｜合同会社の設立は将来の事業戦略を見据えて判断しよう

合同会社は設立費用の安さや経営の自由度の高さなど多くのメリットがある一方で、社会的信用度や資金調達の制約、事業承継の複雑さといったデメリットも存在します。特に将来的なM&Aや事業承継を検討している場合は、早期から適切な準備と戦略立案が重要となります。 

会社形態の選択は事業の成功に大きく影響するため、目先のコストだけでなく中長期的な事業戦略を総合的に考慮して判断することが不可欠です。M&Aや事業承継をお考えの際は、M&Aロイヤルアドバイザリーへご相談ください。